HUBUNGAN OPTIMASI MOLEKUL DENGAN AFINITAS IKATAN DOCKING SENYAWA TERPILIH DALAM TERIPANG

Abstract

Native hasil pengukuran lab merupakan konformasi molekul native sesungguhnya di alam ketika terikat dengan protein targetnya. Ligan uji perlu dioptimasi secara geometri untuk memperoleh pendekatan konformasi yang sesungguhnya. Penelitian ini telah dilakukan untuk mendapatkan hubungan optimasi molekular dengan afinitas ikatannya secara in silico. Protein target dan ligan uji telah diperoleh dari hasil penelitian sebelumnya. Ligan uji terpilih merupakan senyawa-senyawa yang terkandung dalam teripang. Semua ligan uji dioptimasi menggunakan forcefield dengan tipe uff, mmff94, dan ghemical dan dilanjutkan dengan pengujian kekuatan interaksi ligan-protein menggunakan program PyRx. Optimasi molekular telah meningkatkan persentase jumlah ligan yang memiliki afinitas ikatan lebih baik dibandingkan dengan native pada protein 5oam, 5ocu, dan 5ogc secara berurutan dengan tipe mmff94 sebesar 3,6; 4,0; dan 33,3%. Dua tipe lainnya, uff dan ghemical memberikan jumlah ligan terbaik lebih rendah dibandingkan dengan ligan non-optimasi, kecuali untuk protein 5oam dengan ligan teroptimasi uff menunjukkan kenaikan jumlah sebesar 17,9%. Afinitas ikatan terbaik diperoleh pada holothurinoside D dengan optimasi molekular tipe mmff94 untuk protein 5oam, 5ocu, dan 5ogc secara berurutan sebesar -10,3; -10,4; dan -10,1 kkal/mol. Optimasi forcefield molekul dengan tipe mmff94 akan meningkatkan nilai afinitas ikatan ligan-protein dibandingkan dengan dua tipe optimasi lainnya, uff dan ghemical.

Kata Kunci: optimasi molekul, afinitas ikatan, docking molekular, PyRx, vina.